本文为东方科软DS技术工程师收集的问题，因篇幅有限，只显示部分Q&A，更多内容，可在公众号菜单栏-生命科学-常见Q&A，进行查看。

Q1：如果将DS运行的问题文件发送至技术邮箱？

A：选择对应Job，鼠标右键选择Locate，此时会定位到DS运行结果的文件夹的output文件夹下，选择这个job的总文件夹，鼠标右键选择copy，然后至桌面，粘贴并压缩，发送到我们的DS技术邮箱：support_ls@imatsoft.com.(Properties可以看到在电脑中的具体位置等属性)

(资料图片)

Q2：同源建模结束后，拉式图评估结果显示有氨基酸需要优化，应该怎么优化呢？

A：首先应该查看不合理氨基酸是否在关键位置，如果不在可以不用优化，如果在关键位置，则可以根据氨基酸所在位置采用Loop Refinement、Side-Chain Refinement、Minimization或者分子动力学模拟等方法进行优化。

Q3：众所周知，Discovery Studio软件使用MODELLER软件建模，对于传统单抗建模非常easy，那么如何使用Discovery Studio软件构建纳米抗体和双特异性抗体（非对称双抗）的结构呢？

A：纳米抗体直接使用Antibody Modeling Cascade即可，双特异性抗体可以使用Model Full Length Antibody并将参数Bispecific Modeling设置为TURE，把第二条抗体序列输入即可。针对于非对称双抗后期找到合适的序列会制作视频。

Q4：对于蛋白质改造 是分子对接后把相互作用的氨基酸做丙氨酸扫描之后再饱和突变还是直接选配体3 Å范围内氨基酸做丙氨酸扫描再饱和突变呢？

A：1 nm等于10 Å。药物-受体常见相互作用力类型及基本性质见下表，照片拍自复旦大学付伟教授《计算机辅助药物设计导论》一书（第二版，P30）。其中氢键距离通常被认为是2.7到3.3 Å，3.0 Å是蛋白质氢键最常见的值。因此建议选择配体3 Å范围内的氨基酸进行模拟计算。

Q5：如何定义对接的活性位点？

A：DS提供了4种定义活性位点的方式。一般来说，如果PDB文件自带活性位点，界面会显示活性位点，，在定义活性位点时，选择FROM PBD SITE即可。如果PDB文件没有活性位点定义，可以通过选择FROM RECEPTOR CAVITIES来让DS软件帮您预测。也可以根据文献的活性位点信息，自由选择氨基酸残基，然后选择CURRENT SELECTION来自定义活性位点，也可以根据共晶配体来选择：选中配体，选择CURRENT SELECTION，默认半径为5A。或者在右上角搜索find site，找到下图程序，也行。默认为5埃是因为一般氢键在5A内都有可能形成氢键。再者可以根据下方的+ – 来增大或减少1A的半径。所以一般的半径都会大于5A。

Q6：请问这种化学键相互作用参数 比如氢键 距离 数据如何导出 csv格式里面没有这个信息呀？

A：有的，见下图。

导出：选中表格，file-save as .CSV，另外这些表格有些可以直接在Result文件夹中找到。

Q7：请问如何如何在相互作用显示图上添加氨基酸的标签呢，譬如Val114、Gly514这样？

A：一般作图的话，还是建议使用Pymol+PS/AI软件的方式，可以生成高质量高清晰度的图片。当然也会有朋友不喜麻烦，那么如何使用DS制作图呢？空白处右键Label即可显示如题Val114的氨基酸标签，有时可能会被遮挡。DiscoveryStudio客户端默认是不能移动LABEL的，所以需要更改默认设置后才可以移动标签。打开表格信息，选择Label附表，将Movable选中，这样就可以移动标记出的氨基酸名称了。选中对应标签，然后按住Ctrl+鼠标中建（滚轮），拖动鼠标，就可以移动该氨基酸名称了。具体操作见视频。

Discovery Studio 软件介绍

BIOVIA Discovery Studio是一款生命科学分子模拟软件，它为研究人员提供了一个完整的工具集，用于探索蛋白质化学的细微差别并促进小分子和大分子治疗药物的发现，帮助研究人员在抗体开发过程中扮演重要角色。

此外，DS软件还提供了抗体自动建模，可以轻松快速地从一组轻链和重链抗体序列以及经过策划的 PDB 抗体模板数据库生成高质量的 3D 抗体全长、Fab 或 Fv 模型（也可以实现对纳米抗体和双特异性抗体的3D建模）。

除此之外还提供了对抗体人源化建议和预测抗体及辅料对抗体的聚集效应。这些工具可以帮助研究人员更好地理解抗体的性质，并在开发和配方过程中尽早改进这些性质，从而加快产品上市的速度和降低总成本。

╱ 公司介绍 ╱

东方科软成立于2016年10月，总部设在北京，主要服务材料科学与生命科学两大领域的用户，为其提供模拟仿真软件、技术咨询、技术培训及技术支持服务。

公司打造行业领域产品生态圈，不断引进国内外各种先进产品与技术，为材料和药物的设计与创新提供综合解决方案。团队专业背景覆盖材料科学、物理、化学化工、石油石化、生物医药等重要领域，能为用户提供专业、高效、快捷、精准的技术支持与服务。

目前，我们已服务上百家相关学术及企业用户，为他们的产品研发和创新提供了强有力的科学信息软件技术服务与产品支持！